Богословское наследие Макария Великого составляют пятьдесят слов (бесед), семь наставлений и два послания.
Основной темой сочинений является духовная жизнь христианина в форме аскетического уединения. В ряде своих сочинений Макарий аллегорически толкует Библию (например, Беседа о видении Иезекииля).
Мысль о том, что высшее благо и цель человека — единение души с Богом, — основная в творениях преподобного Макария.
Рассказывая о способах, как достичь священного единения, преподобный основывался на опыте великих учителей египетского монашества и на своем собственном.
Путь к Богу и опыт Богообщения святых подвижников открыт каждому верующему сердцу. Потому Святая Церковь и включила в общеупотребительные вечерние и утренние молитвы подвижнические молитвы преподобного Макария Великого.
Земная жизнь, по учению преподобного Макария, со всеми ее трудами, имеет лишь относительное значение: приготовить душу, сделать ее способной к восприятию Царства Небесного, воспитать в душе сродство с Небесным отечеством. «Душе, истинно верующей во Христа, должно переложиться и перемениться из нынешнего порочного состояния в другое состояние, доброе, и из нынешней уничиженной природы в другую, Божественную природу, и переделаться в новую — при посредстве силы Святого Духа». Достичь этого можно, если «мы истинно веруем и любим Бога и во всех Его святых заповедях вращаемся». Если же душа, обрученная Христу в святом Крещении, не будет сама содействовать дарованной ей благодати Духа Святого, то подвержется «отлучению от жизни», как оказавшаяся неблагопотребной и неспособной к общению со Христом.
В учении преподобного Макария опытно разрешается вопрос о единстве Любви Божией и Правды Божией. Внутренний подвиг христианина определяет меру восприятия им этого единства. Каждый из нас приобретает спасение по благодати и Божественному дару Духа Святого, но достичь совершенной меры добродетели, необходимой для усвоения душой этого Божественного дара, можно лишь «верою и любовью при усилии свободного произволения». Тогда «сколько по благодати, столько и по правде» христианин наследует жизнь вечную.
Спасение есть дело Богочеловеческое: полного духовного преуспеяния мы достигаем «не одною Божественною силою и благодатию, но и принесением собственных трудов», с другой стороны, в «меру свободы и чистоты» приходим не одной собственной рачительностью, но не без «содействия свыше Божией руки».
Участь человека определяется действительным состоянием его души, самоопределением его к доброму или злому. «Если душа в сем еще мире не приимет в себя святыни Духа за многую веру и за молитвы, и не сделается причастною Божественного естества, то она непригодна для Небесного Царства».